Modificações para Minecraft, ou "mods", estão disponíveis em vários sites de terceiros. Esses mods podem adicionar ou remover conteúdo do jogo ou mudar como ele é jogado. Lembre-se que esses mods não são criados, revisados ou aprovados pela Mojang Studios, então tenha o mesmo cuidado ao instalar esses mods que teria com qualquer outro software desenvolvido de forma independente.
Modding pode ser complicado e pode fazer seu jogo apresentar problemas ou até ficar injogável. Como o modding não é oficialmente suportado, o Suporte do Minecraft não pode ajudar com problemas causados pelo uso de mods.